Le cerisier de Sainte-Lucie a des feuilles plus petites, dentées finement et parfumées au froissement, et une écorce grisâtre non desquamante, contrairement aux grandes feuilles simples et à l'écorce brun-rougeâtre du merisier qui se détache en bandes horizontales.
Le merisier sauvage a des fleurs blanches simples à cinq pétales, tandis que les cerisiers du Japon cultivés ont le plus souvent des fleurs doubles, roses et très fournies.
Le merisier a des fruits sucrés et un tronc plus droit et élancé ; le griottier reste plus buissonnant, avec des fruits acides.
Le merisier porte ses fleurs et fruits en petits bouquets ou corymbes, alors que le cerisier à grappes (Prunus padus) les réunit en longues grappes pendantes de 10 à 15 cm — les deux partagent une écorce brun-grisâtre et des feuilles ovales dentées assez proches.
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